En konspiration inom underrättelsetjänsten håller på att avslöjas och regeringen skyr inga medel i sina försök att röja undan alla tänkbara spår efter sina topphemliga förehavanden - de är till och med beredda att mörda de agenter som varit inblandade. Den genetiskt manipulerade agenten Aaron Cross blir tvungen att använda alla sina färdigheter för att ta sig levande ur det hela och avsluta det som Jason Bourne än gång påbörjade.